Análisis de pirosecuenciación para caracterizar las poblaciones bacterianas en suelos sometidos a diferentes condiciones de manejo bajo régimen de siembra directa

FIGUEROLA, E.L.M.; GUERRERO, L.D.; WALL, L.G.; ERIJMAN, L.

Buenos Aires

Congreso; XII Congreso Argentino de Microbiología; 2010

Asociación Argentina de Microbiología

<!-- /* Font Definitions */ @font-face {font-family:Cambria; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:auto; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:3 0 0 0 1 0;} /* Style Definitions */ p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-parent:""; margin-top:0in; margin-right:0in; margin-bottom:10.0pt; margin-left:0in; mso-pagination:widow-orphan; font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman"; mso-ascii-font-family:Cambria; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Cambria; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Cambria; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:"Times New Roman"; mso-bidi-theme-font:minor-bidi;} @page Section1 {size:8.5in 11.0in; margin:1.0in 1.25in 1.0in 1.25in; mso-header-margin:.5in; mso-footer-margin:.5in; mso-paper-source:0;} div.Section1 {page:Section1;} --> El presente estudio se realizó en el marco del proyecto interdisciplinario BIOSPAS (www.biospas.org), cuyo objetivo general es identificar indicadores biológicos de calidad de suelo. Los microorganismos del suelo participan en funciones de vital importancia para la sustentabilidad de los agroecosistemas, tales como la descomposición y mineralización de materia orgánica, el ciclado de nutrientes y la modificación de la estructura edáfica. Los métodos de secuenciación masiva de fragmentos variables del ADNr16S permiten el estudio de la diversidad microbiana con una cobertura que supera en tres órdenes de magnitud la de los métodos moleculares tradicionales. El muestreo se llevó a cabo en Junio de 2009. Se seleccionaron 4 localidades a lo largo de una línea oeste-este en la zona agrícola más productiva de la Argentina: Bengolea (Córdoba), Monte Buey (Córdoba), Pergamino (Bs As) y Viale (Entre Ríos). En cada localidad se tomaron muestras por triplicado de la fracción entre 0-10 cm de profundidad para de 3 tratamientos replicados: 1- Ambiente Natural (AN): ambiente natural con mínima actividad antrópica, Ej.: reserva natural, montes, parques. 2- Malas Práctias Agrícolas en Siembra Directa (MP): campos manejados con mínima rotación o monocultivo y deficiente nutrición. 3- Buenas Prácticas Agrícolas (BP): Manejo permanente en sistema de siembra directa con rotación intensiva, fertilización de reposición, manejo integral de plagas, malezas y enfermedades, incluyendo conceptos básicos de Agricultura Certificada. Sobre ADN extraído se amplificaron las regiones variables V1+V2+V3 del ADNr 16S del dominio Bacteria. Cada uno de los triplicados fue procesado independientemente y mezclados antes del análisis. Las muestras correspondientes a cada sitio y tratamiento fueron etiquetadas por medio de un fragmento adicional de 12 bases presente ambos cebadores (27F-538R), con el objeto de secuenciarlas simultáneamente en formato multiplex (GS-FLX Platinum, Macrogen). La pirosecuenciación generó un total de 398832 secuencias de más de 100 b (promedio 390 b). El análisis bioinformático se realizó con los pipelines del Ribosomal Database Project y PANGEA. Conclusiones En todas las muestras los Phyla dominantes resultaron ser Proteobacteria y Actinobacteria, con abundancias entre 25 y 58% y 15 y 50% respectivamente. Dentro de estos, las clases predominantes fueron Actinobacteria (13-35%) y Alphaproteobacteria (11-38%). A este nivel no se detectaron diferencias significativas (&alpha 0.005) entre tratamientos o entre sitios. Las abundancias obtenidas para Phylum y Clase fueron confirmadas utilizando primers específicos por PCR cuantitativo. A nivel Familia, el análisis de correspondencia canónica (CCA) indica un agrupamiento de las muestras por sitio. Sin embargo, en algunos casos, la presencia y/o abundancia de ciertos grupos bacterianos a distintos grados de resolución taxonómica resultan características del régimen de manejo del suelo. Estos resultados, confirmados por PCR cuantitativo utilizando cebadores específicos, indica la presencia de potenciales indicadores bacterianos de calidad de suelo