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Las especies amenazadas son prioritarias en estrategias de conservación por presentar una elevada probabilidad de desaparecer a corto plazo a causa de las modificaciones antropogénicas que las afectan. La optimización de áreas donde se protejan sus poblaciones es urgente y requiere de soluciones eficientes debido a que la creación de áreas protegidas entra frecuentemente en conflicto con usos humanos de la tierra. La biogeografía de la conservación ha desarrollado algoritmos para abordar estos problemas complejos. Modelamos, usando Maxent, la distribución de 49 especies con 3044 registros georreferenciados, incluyendo todas las serpientes amenazadas de Argentina (11 de ellas, con pocos datos fueron usadas con puntos de registro). Para priorizar áreas de conservación aplicamos un análisis espacial utilizando Zonation con la función Core Area Zonation (CAZ), algoritmo adecuado por asegurar áreas de elevada calidad para cada especie, aunque ocurran en regiones poco diversas, favoreciendo especies raras en la solución. Consideramos como costos el índice de influencia humana de la NASA que incluye asentamientos humanos, accesos, transformación del paisaje y uso de energía. Los resultados son similares con o sin peso de especies según categoría de amenaza o incluyendo los parques nacionales. Las regiones más prioritarias (>75%) se concentran en orden de importancia en el litoral fluvial (principalmente nordeste de la Mesopotamia), en parte del Chaco Seco más áreas de transición con las Yungas, en los bosques andinos patagónicos (norte), en la bahía de Samborombón y en sectores entre La Pampa y Rio Negro. El mapa obtenido muestra oportunidades de creación de sistemas de áreas protegidas que conserven las principales poblaciones de serpientes amenazadas de la Argentina.