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Examinamos diferencias en la homogeneidad de los ensambles de peces entre ambientes lóticos-leníticos durante tres años de estudio en un sector de la planicie aluvial del río Paraná en su tramo medio. Las colectas fueron realizadas entre agosto 2010 y agosto 2012, en pozos de erosión y lagunas próximas a dichos pozos. La variación de la homogeneidad entre los ambientes durante las fechas muestreadas se determinó mediante la función betadisper del paquete estadístico Vegan del software R versión 2.15.2. Mediante TukeyHSD evaluamos la existencia de diferencias entre los ambientes durante el período de estudio. A partir de la prueba betadisper, el ANOVA mostró diferencias significativas (F=7.3125e+29; p=2.2e-16) en la composición de especies. Mediante la prueba de Tukey observamos que los meses estudiados y los ambientes difieren entre sí, excepto marzo y agosto de 2012 en el pozo (p = 0.093). La variación de la homogeneidad de la composición de la ictiofauna se explicaría por los pulsos de inundación de diferentes amplitudes (6 meses en 2010, un mes y medio en abril 2011). Durante 2010 se registraron las riquezas más elevadas mayormente en los pozos, dada la permanencia de las aguas altas, máxima conectividad del sistema y una temperatura adecuada. En el pulso de 2011 las lagunas presentaron los mayores valores de riqueza. Los efectos del primer pulso influenciaron la homogeneidad registrada en los años posteriores, donde con un pulso de menor intensidad y duración y sin aguas altas en 2012 ésta se mantuvo con valores relativamente elevados en ambos ambientes.