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El Sitio Ramsar Jaaukanigás fue creado en 2001 y se encuentra en el Nordeste de la provincia de Santa Fe, en el límite con las provincias de Corrientes y Chaco. Comprende 492.000 hectáreas, abarcando un sector de la planicie de inundación del río Paraná Medio que incluye un extenso complejo de hábitats acuáticos. Si bien existen antecedentes sobre estudios de diversidad de vertebrados y vegetación, el presente trabajo constituye el primer aporte al conocimiento de invertebrados bentónicos del Sitio. El objetivo general fue evaluar la estructura de los ensambles bentónicos en diferentes humedales de Jaaukanigás. A la altura de las localidades Pato Cuá-Piracuacito se seleccionaron dos áreas de muestreo en el río Meneli (aguas arriba y aguas abajo) y dos lagunas aledañas. A la altura de la ciudad de Reconquista se seleccionaran también dos áreas, una en el río San Gerónimo y otra en el río Barroso y dos lagunas aledañas. En cada sitio de muestreo se tomaron muestras de invertebrados bentónicos, sedimentos de fondo para determinación de materia orgánica y granulometría y variables del agua (transparencia, temperatura, alcalinidad, nutrientes, DBO5, DQO, etc.). Los mayores valores de nutrientes (0.40 ppmNO3-N, 0.010 ppm NO2-N y 0.46 ppm P) fueron registrados en la laguna y en el cauce principal del río Meneli. Mientras que los mayores valores de DBO5 (4.88 ppm) y DQO (12 ppm) en los ríos Barroso-San Gerónimo. Las lagunas tuvieron un sedimento limo-arcilloso y mayor cobertura de macrófitas y porcentaje de materia orgánica en sedimentos de fondo respecto de los cauces. El sedimento de los cauces fue principalmente arenoso. En las lagunas, las fracciones de mayor porcentaje, fueron materia orgánica particulada gruesa (CPOM) y ultrafina (UFPOM), mientras que en los cauces predominó CPOM, debido a los grandes aportes desde la vegetación riparia. La mayor riqueza de taxa (49) fue registrada en las lagunas relacionadas con el río Meneli, mientras que en los ambientes lóticos se registró 31 taxa en la segunda transecta que incluye a los ríos San Gerónimo y Barroso. La mayor densidad (257207 ind.m2) fue registrada en el río Barroso y fue dada por ejemplares juveniles del bivalvo invasor Limnoperna fortunei. En las lagunas, A. pigueti, nematodos, Campsurus sp. y ostrácodos fueron los taxa dominantes y en todos los ríos, L. fortunei.