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Los peces del suborden Notothenioideiconstituyen uno de los ejemplos mejor conocidos de radiación en un ambientemarino. La mayoría de las especies son endémicas de aguas antárticas, sinembargo el género Patagonotothen, conformado exclusivamente por especies extra-antárticas,es el segundo más numeroso del suborden. Varios trabajos estudiaron las relacionesfilogenéticas dentro del suborden, aunque generalmente utilizando secuencias mitocondrialeso de unos pocos loci nucleares obtenidas mediante secuenciación estándar porcapilar. Estos trabajos muestran baja resolución en varios nodos, entre elloslos que involucran las especies del genéro Patagonotothen. En este trabajoutilizamos secuenciación de ADN asociado a sitios de restricción (RADs)mediante dispositivos de secuenciación masiva de ADN (NGS) para inferir lasrelaciones filogenéticas entre 17 especies de nototénidos antárticos ysubantárticos, incluyendo 9 especies del genero Patagonotothen. Los datosobtenidos nos permitieron genotipar más de 8.000 loci, de 89 pb de longitudcada uno, en las 17 especies analizadas. Todos los nodos internos en el árbol mostraronvalores altos de soporte por bootstrap. Algunos de los principales resultados preliminaresson: 1) La familia Notothenidae sería parafilética; 2) El taxón hermano del generoPatagonotothen sería el género Lepidonotothen; 3) El género Patagonotothensería monofilético y estaría constituido por tres grupos principales: a) P.jordani, P. sima, P. cornucola y P. elegans; b) P. tessellata y P. canina; c)P. ramsayi, P. wiltoni y P. guntheri. Nuestros resultados muestran el poder dela secuenciación de RAD para resolver relaciones filogenéticas a diferentesniveles taxonómicos y su utilidad para el estudio de la evolución de losnototénidos.