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El género Pseudo-nitzschia contiene especies potencialmente tóxicas, productoras de ácido domoico, con efecto amnésico. En este trabajo se identificaron morfológicamente y mediante técnicas moleculares 3 especies del género Pseudo-nitzschia del Canal Beagle, Argentina (54º50,38?S, 68º6,38?W). A partir de muestras naturales, se aislaron 8 cepas y se observaron bajo microscopio óptico (MO), bajo microscopio electrónico de transmisión (TEM) y se realizaron análisis moleculares basados en las regiones ITS (espaciadores internos transcritos) y 28S (subunidad grande) del rDNA. Se identificaron 2 genotipos diferentes. Las distintas técnicas utilizadas revelaron la presencia de Psuedo-nitzschia fraudulenta y P. australis dentro del complejo P. seriata (> 3µm de anchura) y del complejo P. delicatissima (< 3µm de anchura) un genotipo aún sin identificar, Pseudo-nitzschia sp. (plurisecta). De estas especies, dos son potencialmente tóxicas por su capacidad de producir ácido domoico (DA). Pseudo-nitzschia sp. (plurisecta) se ha identificado por primera vez en el Canal Beagle (CB), mientras que las otras especies ya habían sido previamente descriptas para esta zona. Este es el primer estudio en el que se han utilizado análisis moleculares para la identificación de especies del género Pseudo-nitzschia en la región.