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En la actualidad, el estudio de la diversidad biológica en diversos niveles taxonómicos se basa en gran parte en el análisis de marcadores genéticos, los cuales en la mayoría de los casos muestran algún nivel de discordancia con la clasificación tradicional basada en el fenotipo. El presente trabajo estudia los patrones de variación fenotípica y genética (en marcadores neutros) en el Picogrueso Negro Azulado (Cyanocompsa cyanoides), una especie de la familia Cardinalidae que se divide en cuatro subespecies, definidas en base a diferencias de tamaño y coloración. En base a su alto nivel de diferenciación genética se ha propuesto que una de estas subespecies, C. c. rothschildii, sea elevada a la categoría de especie. Aquí presentamos los resultados de los análisis de la variación entre subespecies de C. cyanoides en tamaño corporal, coloración del plumaje y canto, para determinar si la variación en estos caracteres fenotípicos sigue el mismo patrón que la variación genética, y si la evidencia fenotípica apoya la idea de que C. c. rothchildii debería elevarse a la categoría de especie. Encontramos una congruencia parcial, dado que la subespecie más diferenciada genéticamente también es la que presenta mayor diferenciación fenotípica. Consecuentemente, nuestros resultados avalan que debería ser considerada una especie aparte. Sin embargo, entre el resto de las subespecies, las dos que no muestran diferenciación genética sí lo hacen en tamaño corporal y coloración. Si bien en cierto que la clasificación actual requiere ser revisada considerando la evidencia genética, esta congruencia parcial entre el fenotipo y los marcadores moleculares muestra que la clasificación tradicional en subespecies porta información valiosa sobre la diversificación por debajo del nivel de especie.