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El objetivo general de este proyecto es analizar el estado de variabilidad genética del Aguará Guazú (Chrysocyon brachyurus, Illiger, 1815) para determinar su situación de conservación y proponer medidas de manejo y conservación de acuerdo a la información obtenida. El aguará guazú en Argentina está considerado En Peligro. Dicha categorización indica que sus poblaciones han disminuido en tamaño y número como así también su hábitat. A pesar de ello, en los últimos años se está incrementando el deterioro y pérdida de hábitats en las diferentes regiones en las que se distribuye esta especie, no solamente dentro del territorio Argentino sino también en la mayor parte de América del Sur. Las poblaciones pequeñas son más propensas a la extinción, ya que se encuentran altamente influenciadas por la estocasticidad demográfica, genética y ambiental para sobrevivir y estos factores pueden acelerar su declive (Primack et al., 2001). Una de las consecuencias del bajo número poblacional y de la inestabilidad demográfica es que con el tiempo disminuyen los niveles de variabilidad genética. Por ende, los niveles de endogamia aumentan y con ello, la susceptibilidad a eventos estocásticos reduciendo aún más el tamaño poblacional y además, acumulando mutaciones deletéreas. El objetivo central de la genética de la conservación en los últimos años ha sido dilucidar y consecuentemente, disminuir los problemas genéticos enfrentados por las poblaciones pequeñas. Actualmente, existen numerosos ejemplos donde factores genéticos parecen estar relacionados con el declive de poblaciones animales (Hedrick, 1995 ;O´ Brien, 1994; Franckham et al., 2002), como por ejemplo algunos representantes de la familia Canidae como Aguará gauzú (Chrysocyon brachyurus); Lobo gris (Canis lupus), Lice Ibérico (Lynx lynx), Zorro Ártico (Alopes lagopus y el Dingo (Canis dingo); (Krukowski y Klos, 1982; Lundstrom, 1998; Nordrum 1994; Christoph et al., 1969; Burton y Ramsay 1986; Bovee y Bush, 1980). En este trabajo, se presentan los resultados preliminares del análisis genético de Chrysocyon brachyurus en dos provincias de Argentina: Santa Fe y Corrientes, a los fines de establecer los niveles de variación a nivel mitocondrial dentro de cada una de las poblaciones y hallar posible estructuración geográfica. En relación a las modificaciones antrópicas, tanto las obras establecidas como las que se estuvieran por implementar, podrían afectar a los humedales y el área de distribución y desplazamiento normal de esta especie. Ante tales circunstancias, los estudios genéticos proporcionarían un aporte fundamental para la toma de decisiones referentes al manejo y la conservación de especies amenazadas como así también de los ambientes que habitan. La estimación de su variabilidad genética así como de la demografía subyacente en relación a la dinámica y fragmentación del hábitat contribuirá a planes futuros de manejo de este mamífero en vida silvestre y en cautiverio.