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El género Myotis (Chiroptera: Vespertilionidae) es un grupo con muchas dificultades taxonómicas debido a que sus especies son externamente muy parecidas, especialmente entre las especies neotropicales. Debido a lo anterior, decidí evaluar la variación morfológica inter e intraespecífica de las especies presentes en el cono sur. Estos resultados se basan en todo el material disponible en las colecciones existentes en Uruguay, empleando como herramienta la morfometría geométrica. En total, analicé 135 cráneos de ejemplares adultos en vista lateral, representando a las especies M. albescens, M. levis y M. riparius. Evalué las diferencias en tamaño y conformación a partir de 33 puntos anatómicos, ubicados en imágenes bidimensionales de los cráneos en vista lateral. Para evaluar las variaciones de tamaño, realicé pruebas ANOVA del tamaño centroide y para la conformación, pruebas MANOVA a partir de los 10 primeros componentes principales. Para determinar entre cuáles especies había diferencias significativas, realicé pruebas Tukey y Hotelling corregidas con el método secuencial de Bonferroni. No detecté un efecto de interacción entre las especies y el sexo (p=0,2472) para el tamaño, así como tampoco dimorfismo sexual (p=0,2963); no obstante, tanto las hembras M. albescens como las de M. riparius, en general, son un poco más grandes que los machos; sin embargo, hay dimorfismo sexual para la conformación en M. riparius. En cuanto a la variabilidad interespecífica, hay diferencias tanto en el tamaño (p