Nodos, priors y soportes: explorando el “Clade Size Effect”

CHEMISQUY, M. A.; PREVOSTI, F. J.

Encuentro; IX Reunión Argenitna de Cladística y Biogeografía; 2010

FCNyM-UNLP

Autores previos han sugerido que el tamaño de los clados (i.e. el número de taxones asociados a un nodo) influye en el soporte de los mismos, teniendo los clados muy grandes o muy chicos soportes altos, mientras que los nodos con números intermedios de taxones poseerían soportes más bajos. Este sesgo fue denominado “Clade Size Effect”. Trabajos realizados con simulaciones y con matrices empíricas han mostrado que existe la mencionada correlación, y que el efecto es más fuerte en el soporte de Bootstrap calculado utilizando la Máxima Parsimonia como criterio de optimalidad que al utilizar el mismo método de remuestreo bajo Maximum Likelihood y especialmente que las probabilidades posteriores obtenidas con métodos Bayesianos. En la presente contribución se explora el efecto del tamaño de los nodos en otras medidas de soporte utilizadas en Máxima Parsimonia: Remuestreo Simétrico, expresado mediante la frecuencia de los nodos y la diferencia de frecuencias (GC), y el soporte de Bremer. Para los análisis se utilizaron matrices publicadas, tanto morfológicas como moleculares, abarcando un amplio rango de número de taxones y caracteres. Para cada nodo se calcularon las tres medidas de soporte arriba mencionadas, el número de taxones contenidos en el clado y el prior. Con estas medidas se calculó el “Clade Disparity Index” (CDI), que permite estimar la intensidad del efecto del tamaño del nodo; se evaluó la significancia del efecto utilizando remuestreo. También se realizó el test en dos dimensiones de Kolmogorov-Smirnov (2DKS) para evaluar la relación entre el tamaño de nodo y las medidas de soporte. La relación entre estos parámetros se exploró también utilizando gráficos bivariados. Los resultados muestran que en las medidas de soporte de remuestreo, el efecto del tamaño de los nodos es significativo en aproximadamente 40% de las matrices analizadas, mientras que en el soporte de Bremer menos de 10% de las matrices resultó significativa. Un patrón de resultados similar se obtuvo al analizar el tamaño de los nodos y el soporte utilizando el test 2DKS. Cabe destacar que en ningún caso los valores de CDI resultaron mayores a 0,37, lo que indica que si bien existe el efecto del tamaño de los nodos, el mismo es débil. Esto coincide con lo observado gráficamente, dado que en ningún caso se observó un patrón claro en “U” en los gráficos bivariados realizados. Esto indica que a pesar de haberse detectado un número considerable de CDI significativos, el sesgo en estos casos sería poco marcado, por lo que no sería un gran problema en trabajos empíricos. El soporte de Bremer resulto prácticamente inmune al sesgo del tamaño de nodo y, en comparación con los datos publicados, mostró un mejor desempeño que la probabilidad posterior de Inferencia Bayesiana.