El CONICET está conducido por un Directorio de nueve miembros, integrado por un Presidente, 2 vicepresidentes y 6 directores.
El Presidente es propuesto por el presidente de la Nación, y los ocho miembros restantes surgen de ternas constituidas del siguiente modo:
- Cuatro ternas electas por los investigadores activos en cada una de las grandes áreas del conocimiento
- Una terna propuesta por el Consejo de Universidades establecido por la Ley Nº 24.521
- Una terna propuesta por las organizaciones representativas de la industria
- Una terna propuesta por las organizaciones representativas del agro
- Una terna propuesta por los máximos organismos responsables de la ciencia y la tecnología de los Gobiernos Provinciales y el Gobierno Autónomo de la Ciudad de Buenos Aires