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Los papilomavirus humanos (HPV) oncogénicos, como el HPV-16, integran su ADN al genoma celular, fenómeno considerado clave en la carcinogénesis asociada a HPV. El estado físico viral (presencia de formas integradas, episomales o mixtas) ha sido propuesto como marcador de evolución de las lesiones asociadas. Hemos desarrollado un método cualitativo para la co-amplificación de los genes E2 y E6 del HPV-16 que combina PCR, hibridación liquida con sondas específicas y revelado colorimétrico. El cociente E2/E6 como estimación del estado físico del ADN viral se obtiene a partir de los valores de densidad óptica obtenidos con cada sonda. Para verificar los resultados obtenidos optimizamos una metodología de PCR en tiempo real y comparamos los cocientes E2/E6 arrojados por cada metodología obteniendo valores relativos similares. En conclusión, hemos validado el ensayo PCR-16 E2/E6 como un método alternativo, de bajo costo y fehaciente para la evaluación del estado físico del ADN del HPV-16.