Modelado y estudio computacional del sistema DCL1-1:ARN

GAUTO, DIEGO F.; DRUSIN, SALVADOR I.; RASIA, RODOLFO M.; SUAREZ, IRINA P.; MORENO, DIEGO M.

Buenos Aires

Workshop; Primer Workshop Latinoamericano de Modelado Molecular y Simulación Computacional; 2016

Facultad de Ciencias Exactas y Naturales - Universidad de Buenos Aires

p { margin-bottom: 0.25cm; direction: ltr; line-height: 120%; text-align: left; }a:link { }Losmicro-ARNs (miARNs) son una clase de ARNs endógenos pequeños queactúan como reguladores post-transcripcionales al reconocer ARNsmensajeros por complementaridad de bases. Tienen una importanteparticipación en la regulación del desarrollo y la fisiología delas plantas. Los miARNs son producidos por la enzima Dicer-like 1(DCL1) con la participación de las proteínas HYL1 y SERRATE apartir del precursor de miARN (pri-miARN). El reconocimiento de losprecursores es particularmente complejo, dada la heterogeneidad detamaño y estructura de estos, cuya única característica común essu forma de hebilla.Esdifícil definir el modo de reconocimiento de sustrato por parte deestas proteínas y la especificidad del posicionamiento de los cortesen el mismo dada la falta de información mecanística y estructuraldel complejo de proteínas. En este trabajo estudiamos elreconocimiento del pri-miARN por el dominio terminal de unión a ARNde doble hebra de DCL1 (DCL1-1) de Arabidopsisthaliana.Dadala falta de una estructura del complejo DCL1-1:ARN recurrimos atécnicas de modelado molecular para obtener dicho complejoutilizando como modelo la estructura de ADAR2-2:ARN (código pdb2L2K), otro dominio de unión a ARN que comparte una homologiaestructural muy alta con nuestro sistema.Realizamossimulaciones por dinámica molecular de los complejos de ADAR2-2 yDCL1-1 con ARN de manera de estudiar las característicasestructurales y evaluamos la energía de unión de los mismos porMM-GBSA.Unanálisis detallado de las simulaciones de dinámica molecular y delas energías de unión (totales, por región y por residuo) nospermitieron describir a nivel atomístico las interacciones quepermiten el reconocimiento del precursor por DCL1-1 y los residuos dela proteína claves para la formación del complejo.