IBR   13079
INSTITUTO DE BIOLOGIA MOLECULAR Y CELULAR DE ROSARIO
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
Estudio del Transcriptoma de frutos de Citrus paradisi durante el desarrollo de la cancrosis de los cítricos
Autor/es:
DAURELIO, L.D.; KRAISELBURD, I.; ESTEBAN, L.; GONZALEZ, M.; ORELLANO, E.G.
Lugar:
Zavalla, Santa Fe
Reunión:
Congreso; XV Congreso y XXXIII Reunión Anual de la Sociedad de Biología de Rosario; 2013
Institución organizadora:
Sociedad de Biología de Rosario
Resumen:
La citricultura representa el principal cultivo frutícola producido tanto a nivel nacional como internacional. Los cítricos se ven sometidos al ataque por patógenos que generan importantes pérdidas económicas. Una de estas enfermedades conocida como cancrosis de los cítricos es generada por la bacteria Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc), la cual provoca en Argentina importantes pérdidas tanto en la producción como la comercialización. Esta enfermedad afecta todas las especies de cítricos en diferente medida, siendo Citrus paradisi (pomelo) una de las más susceptibles. En varios trabajos previos se estudió la expresión génica de cítricos en respuesta a la cancrosis, principalmente en hojas y por medio de microarreglos. Este trabajo tiene como objetivo estudiar el transcriptoma de cáscara de frutos de pomelo utilizando Next Generation Sequencing o RNA-Seq. Los frutos se trataron con diluciones de Xcc de 107 UFC/ml, utilizando una solución de Cobre-Mancozeb para prevenir la enfermedad en los frutos control (Ctr). Las cáscaras de las regiones tratadas de los frutos fue escindida manualmente utilizando un bisturí y posteriormente se extrajo el ARN total a 1 día post-tratamiento (dpt) para Ctr, y 1, 3 y 5 dpt para los tratados con Xcc. Se chequeó la integridad del ARN utilizando el kit Agilent 2100 Bioanalyzer y se obtuvieron mezclas equimolares mezclando muestras de tres frutos en cada caso. Estas mezclas fueron enviadas a secuenciar al servicio Lifesequencing (www.lifesequencing.com). Los análisis de control de calidad y el de expresión se realizaron utilizando el programa RobiNA (http://mapman.gabipd.org/web/guest/robin). Las secuencias fueron alineadas con los genomas de referencia de Citrus sinensis (Cs) y Citrus clementina (Cc) (www.phytozome.net) para obtener el número de transcriptos por gen los cuales se sometieron al análisis estadístico para obtener los genes diferencialmente expresados (GED). De un total de 360 millones de secuencias de 50 pb presentaron al menos un alineamiento aproximadamente 210 millones. El mapeo de las lecturas sobre el genoma de Cs permitió detectar aproximadamente el 92% de sus genes (23,462 de 25,379), mientras que en Cc se detectaron cerca del 94 % de los mismos (22,937 de 24,533). El total de GED fue de 843 para Cc y de 811 para Cs, considerando todas las comparaciones. En ambos casos no se detectaron GED entre Xcc 1 dpt y el Ctr 1 dpt, mientras que el mayor número de GED se observó entre el tratamiento con Xcc 5 dpi y el Ctr 1 dpt. Los GED fueron clasificados funcionalmente con el programa MapMan (http://mapman.gabipd.org/web/guest/mapman), siendo representadas las categorías "regulación de la expresión", "metabolismo de hormonas" y otras. El estudio de estos genes permitirá conocer mejor los mecanismos moleculares del desarrollo de la cancrosis de los cítricos en frutos, contribuyendo a generar mecanismos de defensa que impidan la enfermedad.