ESTRATEGIA PARA EL TAMIZAJE DE SUBTIPOS Y RECOMBINANTES DEL HIV-1 CIRCULANTES EN ARGENTINA.

GR PEREZ, MA TABORDA, R BORTOLOZZI, DN GARDIOL, AA GIRI

San Juan

Congreso; III Congreso Nacional de SIDA; 2011

En Argentina se estima que las cepas circulantes del HIV-1 corresponden a recombinantes BF (80%), subtipo B (20%) y casos aislados de A, C, F y BC. La PCR en tiempo real (rtPCR), junto al análisis de curvas de disociación (MAC), permite determinar la temperatura de disociación (Tm) de los amplicones. Dado que la Tm depende del contenido GC, el tamaño y la secuencia del amplicón, el MAC permitiría discriminar subtipos virales.En este trabajo describimos una estrategia para discriminar los subtipos y recombinantes del HIV-1 circulantes en nuestra región. Se generaron alineamientos nucleotídicos del HIV-1 para seleccionar regiones con información filogenética para discriminar subtipos que incluyeran zonas internas de diversidad suficiente para obtener Tm distintas para los subtipos B y F. Se seleccionó un fragmento de 450 pb del gen gag conteniendo una zona interna de 222 pb. Se diseñaron cebadores para amplificar cada fragmento y se optimizaron las reacciones de amplificación con plásmidos de referencia (fragmento 450 pb: PCR común; fragmento 222 pb: rtPCR con agente intercalante EvaGreen). Se analizaron 27 muestras de PBMC de individuos infectados con el HIV-1 con ambas metodologías. Los fragmentos de 450 pb de cada paciente fueron clonados, secuenciados y analizados filogenéticamente para conocer el subtipo real (BEAST v1.5.4). Los fragmentos de 222 pb se analizaron por rtPCR y MAC para determinar la Tm empírica. Se obtuvieron Tm concordantes con los subtipos reales determinados por filogenia en 24 (89%) pacientes [20 subtipos B, mediana Tm B= 84,0°C (DS= 0,5°C) y 4 subtipos F, mediana Tm F= 82,1°C (DS= 0,7°C)]. Los 3 (11%) pacientes discordantes presentaron subtipo B por filogenia y valores de Tm fuera de los rangos determinados (Tm= 74,8°C, 83,2°C y 84,9°C). En conclusión, la estrategia descripta es útil para el tamizaje de subtipos regionales. El análisis de otras regiones del HIV-1 facilitará la discriminación de subtipos y recombinantes y por lo tanto, la vigilancia genómica en la región.