IIBBA   05544
INSTITUTO DE INVESTIGACIONES BIOQUIMICAS DE BUENOS AIRES
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
Análisis de Variables que Afectan el Procesamiento de Muestras para la Realización de Microarreglos: Puesta a Punto de un Protocolo para Tumores de Mama
Autor/es:
DANIELA CHIRICO; JUAN MARTÍN SENDOYA; CECILIA ROTONDARO; CRISTOBAL FRESNO; ELMER FERNANDEZ; INES BRAVO; IRENE SORIN; ALEJANDRA TRINCHERO; OSVALDO PODHAJCER; ANDREA LLERA
Lugar:
Mar del Plata
Reunión:
Congreso; LVIII Reunión Científica Anual de la Sociedad Argentina de Investigación Clínica (SAIC), Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Fisiología (SAFIS) y XLV Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Farmacología Experimental (SAFE); 2013
Institución organizadora:
Sociedad Argentina de Investigación Clínica (SAIC), Sociedad Argentina de Fisiología (SAFIS) y Sociedad Argentina de Farmacología Experimental (SAFE)
Resumen:
Abstract: El estudio del cáncer mediante microarreglos ha contribuido a caracterizar molecularmente a los tumores a partir de las variaciones en la expresión de genes y esta caracterización es actualmente utilizada para pronosticar recurrencia de cancer y respuesta a quimioterapia. En el marco de un proyecto de análisis de perfiles moleculares en cáncer de mama de la Red de Investigación de Cáncer de Estados Unidos y América Latina (US-LACRN), nuestro laboratorio colecta y procesa muestras de tejido tumoral de pacientes siguiendo protocolos estandarizados. El ARN de estas muestras se destina al estudio de expresión de genes por microarreglos. Con el objetivo de identificar variables no contempladas en la estandarización que podían afectar la calidad del ARN obtenido, se estudiaron, en 206 bioespecímenes, los efectos del tipo de material (i.e. biopsia core o pieza quirúrgica), forma de congelación de la pieza (i.e. con o sin isopentano), porcentaje de ruptura del tejido, índice lipídico y otras variables sobre el RIN (indice de integridad que evalúa calidad) y masa del ARN obtenido. En general las variables analizadas no afectaron significativamente la calidad y/o rendimiento de ARN. Tanto las biopsias como las cirugías rindieron ARN que superó los criterios establecidos para su utilización de microarreglos. Un alto índice lipídico y un bajo porcentaje de ruptura de la muestra mostraron una tendencia a afectar negativamente el RIN aunque no de manera estadísticamente significativa. La inclusión de isopentano como medio de congelación sí mejoró significativamente la probabilidad de obtener RIN mayores a 6 (p