IIBBA 05544
INSTITUTO DE INVESTIGACIONES BIOQUIMICAS DE BUENOS AIRES
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
PROCESAMIENTO DE MUESTRAS PARA LA REALIZACIÓN DE MICROARREGLOS: PUESTA A PUNTO DE UN PROTOCOLO PARA TUMORES DE MAMA
Autor/es:
CHIRICO D; SENDOYA J; ROTONDARO C; FRESNO C; FERNANDEZ E.; BRAVO I.; TRINCHERO A; ANDREA S LLERA; OSVALDO L PODHAJCER
Reunión:
Congreso; LVIII REUNIÓN CIENTÍFICA ANUAL Sociedad Argentina de Investigación Clínica; 2013
Resumen:
El
estudio del cáncer mediante microarreglos ha contribuido
a
caracterizar molecularmente a los tumores a partir de las
variaciones
en la expresión de genes y esta caracterización es
actualmente
utilizada para pronosticar recurrencia de cancer
y
respuesta a quimioterapia. En el marco de un proyecto de
análisis
de perfiles moleculares en cáncer de mama de la Red
de
Investigación de Cáncer de Estados Unidos y América Latina
(US-LACRN),
nuestro laboratorio colecta y procesa muestras de
tejido
tumoral de pacientes siguiendo protocolos estandarizados.
El
ARN de estas muestras se destina al estudio de expresión de
genes
por microarreglos. Con el objetivo de identificar variables
no
contempladas en la estandarización que podían afectar la
calidad
del ARN obtenido, se estudiaron, en 206 bioespecímenes,
los
efectos del tipo de material (i.e. biopsia core o pieza
quirúrgica),
forma de congelación de la pieza (i.e. con o sin isopentano),
porcentaje
de ruptura del tejido, índice lipídico y otras
variables
sobre el RIN (índice de integridad que evalúa calidad)
y
masa del ARN obtenido. En general las variables analizadas no
afectaron
significativamente la calidad y/o rendimiento de ARN.
Tanto
las biopsias como las cirugías rindieron ARN que superó
los
criterios establecidos para su utilización de microarreglos. Un
alto
índice lipídico y un bajo porcentaje de ruptura de la muestra
mostraron
una tendencia a afectar negativamente el RIN aunque
no
de manera estadísticamente significativa. La inclusión de
isopentano
como medio de congelación sí mejoró significativamente
la
probabilidad de obtener RIN mayores a 6 (p<0.05). Se
comprobó
que 147 (97%) de las 151 amplificaciones/marcaciones
realizadas
con ARN de RIN mayor a 6 superaron los umbrales
de
calidad aceptables para la hibridización. Concluimos que una
estandarización
cuidadosa de los procedimientos de colección de
bioespecímenes
redunda en una calidad de ARN suficiente para
la
realización exitosa de microarreglos.
